畜牧学科建于2005年，是浙江省“十二五”重点学科、“十三五”一流学科（B类）。学科服务生物种业和畜牧业绿色高质量发展等国家重大战略需求，于2006年开始招收硕士研究生。学科现有专任教师44人，全部具有博士学位，教授8人，副教授13人，其中国家“万人计划”人才1人，浙江省“万人计划”、省“151”等人才6人，教育部教学指导委员会委员1人，杭州市特级专家1人。学科建有浙江省畜禽绿色生态健康养殖应用技术研究重点实验室、动物健康互联网检测技术浙江省工程实验室、动物福利研究所、动物营养研究所、宠物科学研究所等科学研究平台和浙江省动科动医实验教学示范中心、浙江安吉生物饲料科技小院、浙江缙云麻鸭科技小院、浙江诸暨绍兴鸭科技小院等教学平台。形成了畜禽种质资源创新、动物基因组工程、单胃动物营养与合成生物学、反刍动物营养与饲料科学、动物福利与健康管理、宠物科学等6个创新科研团队。在国内率先开展了动物福利与健康管理和宠物精准动态营养方面的研究，在种质资源保护、新型生物饲料开发、益生菌制剂开发、合成生物学研究、畜禽智慧养殖、基因编辑育种、功能性宠物处方粮开发等方面取得了丰硕的研究成果。获得国家科技进步二等奖1项，省部级等科研奖励10项。服务乡村振兴，形成了“东羊西送”、“十箱蜂万元钱”、“笋竹饲料化利用”、竹林养鸡、宠物精准管理等社会服务典型案例。

畜牧学一级学科学术型硕士学位点于2024年获批，下设动物遗传育种学、动物营养与饲料科学、智慧养殖与动物生产学等3个研究方向。学位点现有研究生导师35人（含校外兼职导师），其中正高级职称13人，副高级职称16人。动物遗传育种学方向以地方畜禽遗传资源保护与利用为重点，开展优质基因资源挖掘与种质创新研究，通过构建精准高效设计育种平台，利用组学和基因编辑技术，开展畜禽新种质创制和器官移植供体研究；动物营养与饲料科学方向主要围绕动物肠道营养调控机制、肠道微生物与宿主的互作等研究，进行动物营养与功能性食品开发，利用合成生物学技术创制新型生物饲料和饲料添加剂；智慧养殖与动物生产学方向主要研究畜禽应激行为模式、生理变化与环境的互作关系，利用大数据模型实现牧场数字化、生态化整体智治，开发以畜禽繁殖性能和内分泌调控为核心的福利评估健康饲养模式。