畜牧学科建于2005年，是浙江省“十二五”重点学科、“十三五”一流学科（B类）。学科服务生物种业和畜牧业绿色高质量发展等国家重大战略需求，于2006年开始招收硕士研究生。学科现有专任教师44人，全部具有博士学位，教授8人，副教授13人，其中国家“万人计划”人才1人，省“万人计划”、省“151”等人才6人，教育部教学指导委员会委员1人，杭州市特级专家1人。学科建有浙江省畜禽绿色生态健康养殖应用技术研究重点实验室、动物健康互联网检测技术浙江省工程研究中心、动物福利研究所、动物营养研究所、宠物科学研究所等科学研究平台和浙江省动科动医实验教学示范中心、浙江安吉生物饲料科技小院、浙江缙云麻鸭科技小院浙江诸暨绍兴鸭科技小院等教学平台。形成了畜禽种质资源创新、动物基因组工程、单胃动物营养与合成生物学、反刍动物营养与饲料科学、动物福利与健康管理、宠物科学等6个创新科研团队。在国内率先开展了动物福利与健康管理和宠物精准动态营养方面的研究，在种质资源保护、新型生物饲料开发、益生菌制剂开发、合成生物学研究、畜禽智慧养殖、基因编辑育种、功能性宠物处方粮开发等方面取得了丰硕的研究成果。获得国家科技进步二等奖1项，省部级等科研奖励10项。服务乡村振兴，形成了“东羊西送”、“十箱蜂万元钱”、“笋竹饲料化利用”、竹林养鸡、宠物精准管理等社会服务典型案例。

农业专业畜牧领域硕士学位点于2012年获批，下设动物种质资源创新与利用、动物营养与生物饲料研发、动物福利与健康管理、宠物科学等4个研究方向。学位点现有研究生导师59人（含校外兼职导师），其中正高级职称26人，副高级职称26人。动物种质资源创新与利用方向利用胚胎工程、基因编辑、基因芯片等技术，创新畜禽种质资源挖掘与利用，培育抗病优质新品种，优化繁殖营养体系，同时研究异种器官移植新技术；动物营养与生物饲料研发聚焦动物营养调控机制、肠道微生物与宿主的互作，开发安全高效生物饲料，促进绿色健康养殖；动物福利与健康管理方向以加强动物福利为目标，开展动物行为及神经内分泌调控机制的研究，开发动物健康管理新技术；宠物科学方向紧扣宠物营养与饲养管理技术标准研究，开发功能性宠物食品和饲养技术，提高宠物健康水平。